En mai 1942, il forme la 13e division de montagne de la Waffen SS Handschar composé de musulmans des Balkans. Le 18 décembre 1942, il prononce au Centre culturel islamique de Berlin un discours dénonçant les Juifs comme les pires ennemis de l'islam. Ce discours est abondamment utilisé par la propagande du Troisième Reich.

Dans ses mémoires, Al-Husseini a rapporté qu'à l'été 1943, lors d'une entrevue avec Heinrich Himmler, ce dernier lui avait confié que plus de trois millions de Juifs avaient déjà été exterminés.