Un second hôpital Hadassah existe depuis 1960 dans l'ouest de la ville, à Ein Kerem. C'est spécialement pour la synagogue de ce nouvel hôpital que, en 1962, Marc Chagall a créé une série de 12 vitraux sur le thème biblique des « 12 Tribus d'Israël ».

Au cours du siège arabe de 1948, l'hôpital et l'université hébraïque qui lui est voisine ont résisté à des attaques répétées. Le 13 avril 1948, il n'y eut aucun survivant lors de l'attaque perpétrée par des populations arabes locales contre un convoi de 77 personnes comportant des médecins, infirmières et patients qui se rendaient à l'hôpital.

Le cessez-le-feu puis les accords d'armistice israélo-arabes de 1949 ont maintenu une enclave israélienne autour de Hadassah et de l'université hébraïque de Jérusalem, alors que la Cisjordanie et Jérusalem-Est sont passés sous contrôle jordanien jusqu'en 1967. Un nouvel hôpital Hadassah Ein Karem a alors été construit à Ein Kerem, à l'ouest de la ville de Jérusalem par la même organisation et a ouvert en 1961. L'ancien hôpital n'a rouvert qu'après rénovation en 1978, longtemps après la guerre des Six-Jours.

Du 4 janvier au 28 mai 2006, l'hôpital et l'équipe médicale connaissent autour d'eux une intense activité médiatique en raison de l'hospitalisation en urgence puis du coma du Premier ministre israélien Ariel Sharon.