Les membres de l'Irgoun doivent donc intégrer Tsahal, mais à l'intérieur de leurs propres unités. Le chef de l’Irgoun, Begin, exige qu’une partie des armes de l'Altalena soient destinées à des unités de l’Irgoun. Ben Gourion estime qu’il ne revient pas à Begin d’en décider et refuse. L’incompréhension et la crainte d’une guerre civile poussent Ben Gourion à donner l’ordre fatal de tirer sur le bateau si celui-ci tente de gagner le port. Résultat : 14 morts et le bateau est envoyé par le fond, avec les armes. Begin a ordonné à ses hommes de ne pas riposter. Ben Gourion a ainsi manifesté une expression de souveraineté : une seule autorité, qui se fait respecter par la violence si besoin est. Pour Begin et les révisionnistes, l’exercice était tout autre : Il s’agissait pour Ben Gourion de porter un coup fatal au mouvement révisionniste pour mieux asseoir son pouvoir.