Brillant haut fonctionnaire des années 30, il est nommé secrétaire général de la police de Vichy en avril 42, il organise en juillet 1942 avec Karl Oberg la grande rafle des 16 et 17 juillet (rafle du Vel' d'Hiv'). Il propose de ne pas déporter les Juifs français, et en échange de faire arrêter les Juifs étrangers même dans la zone libre. Il donne par la suite aux préfets des instructions élargissant la catégorie des Juifs devant être arrêtés aux enfants et aux parents d’enfants en bas âges, qui étaient épargnés jusqu’ici. Le 26 août, a lieu une grande rafle selon les nouvelles instructions qu’il a donné. Il fera par la suite arrêter de nombreux enfants juifs dans des foyers. Suite à un conflit avec la milice, Bousquet démissionne fin 1943. A la fois grand collaborateur et proche de certains milieux de résistance, Bousquet sera condamné après la guerre à cinq ans de dégradation nationale, peine qui lui sera retirée, en vue des "services rendus à la résistance".
Bousquet fera une carrière dans la presse et dans la banque. Le conseil d’Etat lui rend sa légion d’honneur en 1957, et il est amnistié en 1958. Lié au journal La dépêche du midi, Bousquet soutient la candidature de Mitterrand à partir des années 60. Il est proche des milieux de gauche et sera lié au financement de certains hommes politiques de gauche, dans les années 70.
En 1989, une plainte est déposée par l’Association des Fils et Filles des Déportés Juifs de France, et la Ligue des droits de l’Homme contre Bousquet pour la déportation de 194 enfants de six départements du sud de la France. Inculpé en 1991, son assassinat en 1993 prive la France d’un procès exemplaire sur la collaboration, une sorte de procès Barbie à la Française que n’égaleront ni le procès de Paul Touvier, ni celui de Maurice Papon.
Mort assassiné, Bousquet n’aura jamais rendu compte de ses actes devant la justice.